Proje onaylandıktan sonra teknoloji firmalarının yaptığı en büyük hata, normal şirket muhasebesi ile "Ar-Ge Proje Muhasebesini" birbirine karıştırmasıdır. TÜBİTAK, harcamaların standart mizan dışında özel muhasebe hesaplarında (Örn: 750 Araştırma ve Geliştirme Giderleri) takip edilmesini şart koşar.